Източник на замърсяване на природните води за къпане са: непречистени фекално-битови води от населените места, отпадъчните води от животновъдни ферми и промишлени  предприятия, изливи на замърсени и отпадъчни води от плавателни съдове, както и  замърсяване от самите къпещи се.

По-важни болестотворни микроорганизми, които се разпространяват по воден път са: псевдомонас аеругиноза; някои видове Ешерихия коли бактерии;легионела; вируса на хепатит А, салмонела, ,Шигела, Полиомиелитен вирус, Лептиспирии и др.

Най-чести замърсители от токсичните химични съединения са: тежките метали, пестицидите, нефтопродукти, повърхностно активни вещества (сапуни, детергенти), токсични съединени, произвеждани от растителни и животински видове, живущи във водните басейни.

 Изпитвателна лаборатория „ЦЕНТРАЛ” извършва анализ под акредитация на води за къпане по следните показатели: